第13雙眼睛超清日本講述的是 ：此次幽靈恐慌的第二天 ，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了 。永倉先生雖然沒有生命危險 ，但是犯人是誰卻不得而知 。警察以重要參照人為理由帶走了從在進行地球遺產登陸委員會那裏派來的缺德調查官川治 ，但柯南卻發覺這其中不自然的地方 ，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人並將找出了幽靈少女的真相 。