萌學園第1季超清大陸講述的是 ：少年偵探團在兒童跑腿活動中 ，充當活動記錄 。一行人跟在兒童小宏後麵攝影 ，可是小宏總是亂跑 ，期間還曾跑進過 ，一幢將要拆掉的廢棄大樓裏 ，小宏在躲過了兩次人為製造的意外後 ，被人擄走 ，柯南從記錄的中發現了蛛絲馬跡 ，他們來到廢棄大樓 ，並在地下室找到了小宏和一具屍體 ，這時 ，凶手將少年偵探團關到樓中 ，而外麵拆除大樓已經開始 ，少年偵探團能否逃過一劫 ？