奧特銀河格鬥3王國將至超清大陸講述的是 ：與黑衣組織的戰鬥告一段落 ，又回到了平靜的生活 。某天 ，少年偵探隊獲知同樣就讀帝丹小學的雨宮翔子突然消失 ，據說她和灰原十分相像 ，莫非黑衣組織的魔爪已經深入學校 ？為找到翔子 ，放學後大家展開了調查 ，期間還遇到神色可疑的老師 ，之後一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店 ，並得知她在這裏買了飲料 、牛奶和小刀片 ，就在柯南他們百思不得解時 ，由美出現……